首都圏南北直通のもう一つの柱である「上野東京ライン」と湘南新宿ライン。どちらも北関東と神奈川を結びますが、経由地と役割は明確に棲み分けられています。
最大の相違点は、都心の経由ルートです。上野東京ラインは上野・東京・新橋・品川という「東京イーストサイド（都心・ビジネス街）」を貫くのに対し、湘南新宿ラインは池袋・新宿・渋谷・恵比寿という「東京ウエストサイド（副都心・商業繁華街）」を経由します。
大宮〜大船間のような共通の端点間を移動する場合、所要時間は日中ほぼ互角（約70〜75分）ですが、以下の基準でルートを選択するのが合理的です。
- 上野東京ラインを選ぶべきケース：東京駅での新幹線乗り換え、新橋・品川方面へのオフィス通勤、日本橋・銀座エリアへのアクセス。直線的な線形のため、湘南新宿ラインに比べてダイヤ乱れからの復旧が比較的早い傾向にあります。
- 湘南新宿ラインを選ぶべきケース：新宿・渋谷・池袋でのショッピングや乗り換え、武蔵小杉・大崎を経由した臨海副都心・城南エリアへのアクセス。
