円覚寺を訪れるなら、期間限定で授与される特別な御朱印も見逃せません。特に注目を集めるのが、神奈川県唯一の国宝建造物である「舎利殿（しゃりでん）」の特別公開に合わせた限定御朱印です。
舎利殿は通常非公開ですが、正月三が日や11月初旬の「宝物風入れ（文化の日前後）」などの特別な期間に限り、間近での参拝が許されます。この期間に合わせて特別に授与される「舎利殿」の御朱印は、歴史ファンやコレクターの間で非常に高い人気を誇ります。
また、春の桜や秋の紅葉シーズンに頒布される「アート切り絵御朱印」や、白鷺池・山門をあしらった繊細な透かし彫りデザインの限定符も好評を博しています。これらの限定御朱印は数量限定で用意されることが多く、無くなり次第終了となるため、公式発表の日程を事前に確認しておくことが確実な入手への近道です。
