本能システムは、未来編第3章をクリアすることで解放されるエンドコンテンツ級の育成要素です。ガチャで重複したキャラクターや不要なキャラを「NP（にゃんこポイント）」に変換し、そのポイントを消費して各キャラ固有の潜在能力を開花させます。
キャラのレアリティによって売却時に得られるNPは明確に分かれており、基本キャラやEXキャラは1〜2NP、レアキャラは5NP、激レアキャラは15NP、超激レアキャラは50NP、伝説レアは150NPに設定されています。
一度消費したNPはキャラクターの仕様変更等がない限りリセット・返却ができません。そのため、「誰の」「どの能力を」「どのレベルまで」上げるかを事前に綿密に計画することが攻略の成否を分けます。
