しかし、微生物洗剤は万能ではありません。環境化学の専門家は、「その特性を理解せずに使うと、全く効果が出ないばかりか、お金の無駄になる」と指摘します。
最もやってはいけないのが、塩素系漂白剤や強酸性の洗剤との併用です。せっかくの有用な微生物たちが、強い化学薬品によって全滅してしまうからです。また、微生物は生き物であるため、極端な高温や乾燥、直射日光に弱いという弱点もあります。効果を最大限に引き出すには、「少し湿り気のある場所に使い、化学洗剤とは時期をずらして単独で使用する」という、これまでの掃除の常識とは異なるルールが必要です。